A.電子申請の［手続］の項目で選択できます。

電子申請の［手続］の項目で、各事業場単位と本社一括を選択する画面にて［作成］と［変更］を選択することが可能です。
［変更］を選択し、申請すると「就業規則変更届」での申請となります。

※デフォルトでは［作成］が選択されますので、
変更届を申請される際には［変更］のラジオボタンを選択してください。