協定届スケジュールには、すべての電子申請が完了した協定届が表示される仕様です。
指定した協定届を非表示にすることはできません。

該当の協定届をゴミ箱に移動し「完全に削除」すると、協定届スケジュールからも削除することが可能ですが、復元はできないためご注意ください。